隨著我國對外開放的深入發展，海交館同國內外的學術交流也日益頻繁。近40年來，中國海外交通史研究會、泉州海外交通史博物館聯合中國與海上絲綢之路研究中心、中國航海學會、中國對外關系史學會、福建社會科學院、福建海上絲綢之路研究會以及聯合國教科文組織、法國遠東學院等國內外學術團體和機構進行多次合作，舉辦國內、國際性學術討論會20余場，尤其是連續三次在我館成功地舉辦了聯合國教科文組織“海上絲綢之路”國際學術討論會。
1979年3月，在泉州舉辦“泉州灣宋代海船科學研討會”
1980年10月，在泉州舉辦“晉江地區華僑史學術研討會”
1982年12月，在寧波舉辦“寧波港海外交通史學術研討會”
1983年6月，在揚州舉辦“揚州港海外交通史學術研討會”
1984年2月，在泉州“中外科技文化交流史學術研討會”
1985年8月，在山東長島舉辦“中國太平洋暨海外交通史學術研討會”
1987年11月，在泉州舉辦“紀念泉州市舶司設置九百周年暨中國歷史上的市舶司制度和海外貿易國際學術研討會”
1991年2月，在泉州舉辦聯合國教科文組織“中國與海上絲綢之路”學術研討會
1992年10月，在山東蓬萊舉辦“中國北方港與海外交通學術研討會”
1994年2月，在泉州舉辦聯合國教科文組織“海上絲綢之路與伊斯蘭文化”國際學術研討會
1994年8月，在汕頭舉辦“海上絲綢之路與潮汕歷史文化國際學術研討會”
1995年10月，在泉州舉辦“泉州灣宋代海船保護修復論證會”
1997年12月，在泉州舉辦聯合國教科文組織“中國與東南亞”國際學術研討會
1999年3月，在泉州舉辦“文物保護的國內外合作與交流研討會”
1999年2月，在泉州舉辦“《光明之城》手稿的發現及研究學術研討會”
2001年7月，在泉州舉辦“中國古船研制討論會”。
2002年10月 在泉州舉辦“中華文化與域外文化互動”計暨“海上絲綢之路泉州”學術討論會。
2004年2月 在泉州海交館舉辦“僑鄉與海外華人”國際學術討論會。
2005年11月 在泉州海交館舉辦“古代中韓海上交流”國際學術討論會。
2007年5月 在泉州海交館舉辦“博物館與青少年”學術座談。
2008年11月 在泉州海交館舉辦“海上交通與伊斯蘭文化國際學術研討會”。
2009年5月 在泉州海交館舉辦“泉州地區的博物館與旅游”座談會。
2010年 在泉州海交館舉辦“東亞文化與海洋交流”國際學術研討會。
2010年 在泉州海交館舉辦“海洋里的世界觀”研討會。
2010年12月 在暨南大學舉辦“國際視野下的中西交通史研究”國際研討會。
2011年5月 在泉州海交館舉辦“福建省博物館論壇”。
2011年11月 在泉州海交館舉辦“中華傳統文化在東南亞的傳播和影響”國際學術會議。
2012年1月 在泉州海交館舉辦“中國沿海地區穆斯林社會的公共空間——陳埭模式的可能性”國際學術研討會。
2012年2月 在泉州海交館舉辦“阿拉伯文書法交流與研討會”。
2013年10月 在泉州海交館舉辦“歷史上中國的海疆與航海”學術研討會。
2014年5月 在泉州海交館舉辦“交流與封閉” 小型國際學術研討會。
2014年8月 在上海中國航海博物館舉辦"人海相依：中國人的海洋世界"國際學術研討會。
2014年10月 在上海海洋大學圖文信息中心舉辦第二屆島嶼海洋文化國際論壇。
2014年11月 在泉州海交館舉辦“建設21世紀海上絲綢之路”學術研討會。
2015年11月 在廣東省陽江市海陵島舉辦“宋元交替時期東南沿海的海上交通”學術研討會。
2015年12月 第三屆環東海與邊疆論壇——東亞海洋共同體構建與邊疆治理現代化研討會
2016年9月 大航海時代的澳門與世界國際學術討論會
2016年10月 粵海關與海上絲綢之路”學術研討會
2016年11月 第四屆環東海與邊疆論壇“海陸絲綢之路上的東亞社會與文明交流”
2016年12月 歷史上的移民與海上貿易”學術研討會
泉州海交館幾年來不僅積極舉辦學術會議，而且我館的研究人員也經常應邀到海外參加各種學術及展覽活動。據統計，1984年至今，海交館數位研究人員曾參與日本、美國、韓國及香港、臺灣地區的各種課題研究，曾前后達一百多人次應邀到美國、加拿大、意大利、荷蘭、法國、韓國、日本、菲律賓、馬來西亞、斯里蘭卡、新加坡、澳大利亞等國以及香港、臺灣、澳門地區參加學術研討會。數名專家被日本、美國和香港知名大學、博物館聘為客座教授、客座研究員等。
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