2002-2003年，王連茂主持國家文物局課題“宋元時期泉州的海洋文化與《光明之城》真偽研究：以泉州海外交通史博物館館藏文物為證”。（課題參與人員：李玉昆、丁毓玲、陳麗華、葉典典、曾麗民）

2001-2003年，李玉昆主持國家文物局課題“泉州錫蘭王裔文物研究”。（課題參與人員：陳麗華、葉恩典、曾麗民）

2006-2008年，陳麗華、李靜蓉參與福建師范大學歷史學院戴顯群主持的教育部課題《唐宋元泉州海外交通史料匯編》。

2009-2012年，李國清參加國家重要課題“海洋出水陶瓷、金屬和木質文物保護的前期研究”。

2009-2010年，丁毓玲參加泉州市社科聯課題“泉臺兩岸學術交流與對接”。

2009-2010年，胡曉偉參與泉州市社科聯課題“泉州地區古建筑彩繪調查”。

2011-2014年，丁毓玲、傅恩鳳、胡曉偉參與廈門大學組織的“環中國海海洋文化遺產調查與研究”課題。

2011-2013年，李靜蓉參與泉州師范學院林振禮主持的國家社會科學基金項目“閩南泉州多元宗教和諧共處探源”，研究成果于2016年出版。

2012-2016年，丁毓玲主持省委統戰部課題泉州部分“閩商·泉州分卷”，研究成果于2016年6月由廈門大學出版社出版。

2012-2014年，陳麗華、王麗明參與武漢理工大學國家文物局課題“中國古代造船關鍵結構技術——水密艙技術綜合研究”。

2011-2012年， 肖彩雅主持泉州市社科聯課題“19世紀末20世紀初的緬甸閩籍華商”。

2010-2014年，費利華主持國家文物局國家重點文物保護經費項目“泉州灣出土宋代古船的保護”。

2012-2013年，肖彩雅參與與廈門大學南洋研究院課題“冷戰后中國——東盟關系發展對東南亞華社的影響”。

2012-2014年，肖彩雅主持泉州市社科聯課題“明代泉州海防遺存的保護與開發”。

2013-2016年，丁毓玲、王利民參與中國文化遺產研究院的課題“古代中國與印度洋海上交流”。

2014-2017年，費利華主持國家文物局國家重點文物保護經費項目“泉州灣宋代海船搶救性保護工程”。

2014-2018年，肖彩雅參與省重點項目《福建華僑史》的編撰工作，負責緬甸華僑華人方面的材料收集與整理研究。

2016-2018年，肖彩雅主持泉州市社會科學研究規劃課題重點項目《明代泉州防衛研究》。

2015-2018年，陳少豐參與泉州師范學院主持的教育部人文社科基金青年項目：海上絲綢之路文獻目錄整理、編纂與研究。